Alajärvellä sijaitseva Eero Nelimarkan rakennuttama ja hänen ystävänsä, arkkitehti Hilding Ekelundin suunnittelema Nelimarkka-museo avattiin vuonna 1964. Oman museorakennuksen valmistuminen Etelä-Pohjanmaan maaseudulle oli Eero Nelimarkan unelmien täyttymys. Nelimarkan päätös museon sijoittamisesta Alajärvelle herätti ihmetystä, mutta taiteilija oli sitä mieltä, että taide kuuluu koko kansalle, ei pelkästään kaupunkilaisille. Hän perusteli puheissaan valintaansa seuraavasti:

”Täten saamme ilmoittaa käsityksemme, että Nelimarkka-museo Alajärvellä on erittäin sopiva ja tarkoituksenmuksinen tila taidenäyttelyiden sijoittamista varten, edistämään etenkin maaseudulla kuvaamataiteiden harrastusta ja suosimista kansan laajoissa piireissä”.

Ajatus taidelaitoksen perustamisesta syntyi leikkimielisesti jo 1910-luvulla ja hän vitsaili ystävälleen arkkitehtiopiskelija Hilding Ekelundille: ”Jahka minä tuonnempana rakennan niin sinä teet riitingit”. Eero Nelimarkan keskeisimmät päämäärät nimikkomuseonsa suhteen olivat taiteen kansanomaistuminen ja kansainvälistyminen sekä taidekasvatuksen edistäminen. Rakennuksen oli määrä toimia näyttelytilana ja taidekouluna.

Nelimarkalla oli sotien jälkeen taloudellisen menestyksensä ansiosta varaa perustaa oma säätiö. Nelimarkka-Rahasto säätiö, jonka tarkoituksena on ”avustaa ja tukea kristillistä sivistystyötä ja kartuttaa säätiön taidekokoelmaa” perustettiin vuonna 1945. Alun perin taiteilija aikoi sijoittaa Alajärvelle rakennuttamaansa kesähuvilaan taidekoulun ja säätiön taidekokoelmat, mutta huvila osoittautui liian pieneksi. Nelimarkka-Rahasto säätiö osti vuonna 1961 Nelimarkan suvun kantatilan rakennuksineen huvilan lähistöltä. Seuraavana vuonna taiteilija sijoitti säätiön kokoelmat tilan asuinrakennukseen ja aloitti siellä taidekurssin pitämisen.